一、主体不同
就业协议适用于应届毕业生与用人单位、学校三方之间，学校是就业协议的鉴证方，就业协议对用人单位的性质没有规定，适用任何单位。
劳动合同只适用于劳动者（含应届毕业生）与用人单位（不含公务员单位和比照实行公务员制度的组织和社会团体以及军队系统）之间确立劳动关系（与学校无关），明确双方权利和义务关系的协议。
《劳动法》规定，建立劳动关系应当订立劳动合同。教育部颁布的《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》要求：“经供需见面和双向选择后，毕业生、用人单位和高等学校应当签订毕业生就业协议书，作为指定就业计划和派遣的依据。”
二、内容不同
依据《劳动法》的规定劳动合同的内容比较详细，涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体，劳动权利义务更为明确。而就业协议的条款就比较简单，主要是毕业生如实向用人单位介绍自己情况，愿意在规定期限内到用人单位报到，用人单位如实向毕业生介绍本单位情况，同意录用该毕业生等，另外还有一些简单条款。
三、签订时期不同
一般来说就业协议签订在前，劳动合同订立在后。就业协议是毕业生在找工作过程中，落实用人单位后签订的，而劳动合同是毕业生到用人单位报到后订立的。如果毕业生与用人单位在工资待遇，住房等方面有事先约定，可在就业协议的约定条款中注明，附后补充，日后订立劳动合同时对此内容应予认可。
四、目的不同
就业协议是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，是对双方的基本条件以及即将签订的劳动合同的部分基本内容的大体认可，是编制毕业生就业方案和将来双发订立劳动合同的依据。
五、适用法律不同
签订协议时应注意的问题：
1、 查明用人单位的主体资格
2、 按规定的程序签订协议
3、有关条款的内容必须明确
4、注意与劳动合同的衔接
5、 对合同的解除条件做事先约定
