经济管理学院的前身源于1993年江苏省淮海工业贸易学校设立的公共关系教研室，时设市场营销、公共关系等专业(三年制中专)。2000年设电子商务专业(五年制高职)；2003年学校成立管理工程系，设电子商务专业(三年制大专，下同)。

    2005年7月，江苏省淮海工业贸易学校与江苏省淮阴财经学校合并更名江苏财经职业技术学院后成立经济管理系，开设工商企业管理、电子商务、市场营销、金融保险四个专业，2006年增设财务管理、国际贸易实务专业。2008年经济管理系分为经济贸易系和工商管理系后，经济贸易系设市场营销、电子商务和国际贸易实务三个专业(工商企业管理和金融保险等专业划归工商管理系)。2009年增设会计与统计核算专业(后于2011年并入会计系)，2010年增设国际贸易实务专业(海外直通车方向)。

    2014年学校院系设置调整经济贸易系更名为经济贸易学院，2015年增设移动商务专业。2020年更名为经济管理学院，原学校工商管理学院工商企业管理专业、人文艺术与法律学院商务英语专业(2006年开办)和机械电子与信息工程学院工程造价专业(2017年开办)一并划入。目前共开设工商企业管理、市场营销、电子商务、移动商务、商务英语、国际贸易实务和工程造价等七个专业。